Seperti halnya piramid, banyak misteri yang melingkupi candi megah ini. Tak ada data resmi tentang asal-usul batu-batu penyusun Borobudur. Bebatuan tersebut diduga berasal dari Gunung Merapi namun belum diketahui cara membawa beban sebesar itu ke lokasi candi yang jauh di atas bukit.